一、发展历程
农业水利工程系可以追溯至1960年开始招生的中国人民解放军新疆军区生产建设兵团农学院农田水利专业，是石河子大学最早的专业之一。2001年4月，石河子大学院系结构调整，正式更名为水利建筑工程学院，下设水利工程系，2021年农业水利工程系从水利工程系独立出来正式成立，下设灌溉排水工程、测量学两个教研室。
二、师资力量
现有教师16人，其中教授4人，副教授11人，讲师1人，教师队伍中博士研究生学历占75%，院士顾问1人，国家级人才1人，教育部宝钢优秀教师1人，兵团首批中青年科技创新领军人才1人，兵团英才2人，水利部拔尖人才2人，天池英才5人，石河子大学“3152”青年骨干教师3人。
三、学科建设与人才培养
在绿洲规模化生产灌区建设、田间节水灌溉理论与技术、绿洲盐碱地改良与治理等领域开展大量的研究、教学和生产实践工作，取得丰硕成果。培养的学生70%以上留新疆工作，成为新疆各大设计院和水利管理部门的中坚力量，是国家节水灌溉示范区的主要建设者，为屯垦戍边做出积极贡献。
四、科学研究与社会服务
近三年承担项目70余项，总经费3700余万元。研究成果荣获省部级以上科研奖励10余项，发表中文核心及以上学术论文100余篇，SCI/EI检索60篇，其中SCI中科院一区Top期刊30篇；知识产权：授权发明专利10项，授权实用新型专利20余项。服务政府决策，承担中国工程院项目，提出中国大田滴灌发展战略，推动兵团节水灌溉换挡升级和新时代坎儿井工程政策出台。服务行业，承担兵团师市和自治区地州灌溉水系数和作物系数测算工作；服务南疆高质量发展，兵团和国家重大项目落地十四师、三师等团场，兵团科技特派员团队项目服务三师和十四师等地开展特色林果节水增效和盐碱地治理等相关技术服务。
