国家级

1. 国家节水灌溉工程技术研究中心（新疆）

省部级

1. 教育部棉花生产技术现代化协同创新中心

2. 农业农村部西北绿洲节水农业重点实验室

3. 现代节水灌溉兵团重点实验室

4. 寒旱区生态水利工程兵团重点实验室

5. 新疆兵团高烈度寒区建筑抗震节能技术工程实验室

6. 兵团农业水肥高效关键装备技术创新中心

7. 兵团盐碱地综合利用工程技术中心

校级

1. 石河子大学干旱区绿洲农业节水灌溉重点实验室

2. 石河子大学干旱区水资源高效利用重点实验室

3. 石河子大学寒区城镇化建设与新技术重点实验室

4. 石河子大学寒区绿色建筑工程技术研究中心